ولد في مدينة بيسان بفلسطين عام 1941، وقصد دمشق مع أسرته عام النكبة صغيراً. فتنسم هواء دمشق وتعلّم في مدارسها بحي المهاجرين الذي سكنته الأسرة.
ومع متابعته الدراسة انضم إلى إخوانه في جامع أبي النور، وتتلمذ للشيخ أحمد كفتارو، ولزم دروسه سنوات عديدة، كانت سنوات التأسيس في شبابه..
وخطّت له الطريق القائم على الإيمان والغيرة على الإسلام. ومع حصوله على الشهادة الثانوية في فرعها العلمي، التي خولته مجالات رحيبة من الدراسة في الكليات التي تتيحها شهادته، إلا أنه اختار دراسة التاريخ عن هدف بيّن وقصدٍ واضح، ولذلك كان توفيق الله عز وجل حليفه. ولما تخرج بكلية الآداب عُيّن في الجزيرة السورية مدرساً، فبدأ عطاؤه الحقيقي، ورقي لكفايته؛ فكان موجهاً في وزارة التربية وتميّز فكلف الإشراف على الامتحانات في مديريتها بدمشق.. وكان إلى جانب ذلك عضواً في لجنة المناهج والكتب.
اختارته كلية الدعوة – فرع دمشق التابع للجمهورية الليبية أستاذاً لمادة الحضارة الإسلامية والاستشراق..
وخلال ذلك اقترح عليه معهد الاستشراق في أكاديمية العلوم بمدينة باكو في أذربيجان أن يتقدم إليه لنيل درجة الدكتوراه، فقدم بحثه الخاص بهذه الدرجة " بندلي الجوزي" الذي لاقى ترحيباً من مدير المعهد البروفيسور موسى بنياتوف.
وعاد فحاضر في كلية الشريعة بجامعة دمشق، ثم انصرف إلى التدريس في قسم التاريخ والحضارة بمجمع الفتح الإسلامي، وترأسه.
والدكتور شوقي أبو خليل بدأ رحلته الثقافية وعطاءه العلمي في دار الفكر منذ عام 1968، حين نشر أول كتبه " الإسلام في قفص الاتهام" ثم توفّر في إصدارها على الدار التي احتضنته موظفاً بارزاً ومديراً لقسم النشر فيها منذ عام 1990 تفرغ لها وبقي متفرغاً بدأب وحماس حتى وافته المنية المكتوبة، لم يفتر حماسه خلال ذلك، ولم يتغير شعوره ..
بل كان يولّد المشروعات يوماً بعد يوم.. وقضى والتجارب الطباعية لكتابه الأخير" أطلس انتشار الإسلام" بين يديه لم يضع فيه نقطة الانتهاء،.
بل كان في ذهنه مشاريع أخرى تحتاج إلى أزمان متعاقبة. الكتب التي قدّمها الدكتور شوقي أبو خليل رحمه الله تتجاوز السبعين فضلاً عن عشرات الكتيبات للكبار وللصغار، وبعضها بالمشاركة، وقد كان موفقاً في التأليف أي توفيق لا يخرج كتاباً إلا ويروج وتتلقفه الأيدي ويثني عليه القراء.
وهذا مسرد لمؤلفاته:
- آراء يهدمها الإسلام
-الإسقاط في مناهج المستشرقين والمبشرين
-الإسلام في قفص الاتهام (مترجم إلى الإنكليزية والفارسية)
-الإسلام نهر يبحث عن مجرى (مترجم إلى الألبانية)
-الإسلام والتفاهم والتعايش بين الشعوب (بالاشتراك)
-الإسلام وحركات التحرر العربية
-الإسلام وكفى
-أطلس التاريخ العربي الإسلامي (ملون)
-أطلس دول العالم الإسلامي (ملون)
-أطلس القرآن: أماكن، أقوام، أعلام (ملون)
-أطلس السيرة النبوية (ملون)
-أطلس الحديث النبوي أماكن، أقوام (ملون)
-أطلس الفرق والمذاهب الإسلامية (ملون)
-أطلس انتشار الإسلام
-أطلس العلماء المبدعين (قيد الإعداد للطبع)
-الإنسان بين العلم والدين
-بندلي الجوزي (سلسلة في الميزان)
-تحرير المرأة ممن؟ وفيم حريتها؟
-التسامح في الإسلام: المبدأ والتطبيق
-جرجي زيدان في الميزان (سلسلة في الميزان)
-الحضارة العربية الإسلامية وموجز عن الحضارات السابقة
-الحوار دائماً وحوار مع مستشرق
-دمشق 93 هـ الشمس في ضحاها
-دور الحضارة العربية الإسلامية في النهضة الأوربية (بالاشتراك – مترجم إلى الألبانية)
-روائع من بطون الكتب (بالاشتراك)
-الزاهدون في المناصب
-عوامل النصر والهزيمة عبر تاريخنا الإسلامي
-غريزة أم تقدير إلهي
-سلسلة غزوات الرسول الأعظم صلى الله عليه وسلم (10):
بدر الكبرى ، أحد، الخندق، صلح الحديبية، خيبر،مؤتة، فتح مكة، حنين والطائف، تبوك، حروب الردة.
-غوستاف لوبون (سلسلة في الميزان)
-في التاريخ الإسلامي (مقرر السنة الثالثة كلية الشريعة بجامعة دمشق)
-فيليب حتي (سلسلة في الميزان)
-قراءة علمية للقراءات المعاصرة (في الرد على د. محمد شحرور)
-كارل بروكلمان (سلسلة في الميزان)
-محطات حضارية من كتاب فتوح البلدان للبلاذري
-مشكلات في طريق للنهوض (بالاشتراك)
-سلسلة المعارك الكبرى في تاريخ الإسلام (20):
الأرك، بلاط الشهداء، ذات الصواري، الزلاقة، العقاب، عمورية، فتح الأندلس، فتح الدَّيْبُل، فتح سمرقند، فتح صِقِلِّيَّة، القادسية، مصرع غَرْناطة، نهاوند،وادي المخازن، اليرموك ، جالديران، فتح القسطنطينية، أنقرة، عين جالوت، حطين .
- من ضيع القرآن
- من كتاب مآثر الإناقة في معالم الخلافة للقلقشندي
-موسوعة الأوائل والمبدعين (بالاشتراك)
-هارون الرشيد
-الهجرة حدث غير مجرى التاريخ
-هكذا يكتبون تاريخنا ..
مؤلفاته للأطفال:
-سلسلة أحب أن أعرف تاريخ أمتي (1-12)
-سلسلة أحب أن أكون (1-20)
-حكايات من تراث الطفولة (1-120) ببالمشاركة
-أوائلنا (كتاب مدرسي لأطفال الروضة) بالمشاركة